Předem je třeba zmínit, že pojem „zkušební vrt“ stavební zákon (zákon č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu), ani vodní zákon (zákon č. 254/2001 Sb.), nezná. Jedná se o průzkumný hydrogeologický vrt, který z hlediska stavebního zákona nevyžaduje žádné opatření. Podle § 55 odst. 3 vodního zákona se za vodní díla mimo jiné nepovažují průzkumné hydrogeologické vrty, pokud neslouží k odběru podzemní vody.

Avšak má-li po ověření vydatnosti zdroje vody tento vrt následně sloužit jako studna, vyžaduje po ověření vydatnosti zdroje vydání územního rozhodnutí o umístění stavby studny (obecným stavebním úřadem) a následně vydání stavebního povolení a povolení nakládání s vodami vodoprávním úřadem (speciální stavební úřad) podle vodního zákona.

Pro ověření vydatnosti zdroje je bez povolení vodoprávního úřadu možno čerpat vodu při provádění hydrogeologického průzkumu nebo při průzkumu vydatnosti zdrojů podzemních vod, pokud mají trvat méně než 14 dnů, přičemž odběr vody v této době nepřekročí 1 l/s; v jiném případě je třeba povolení k nakládání s vodami podle § 8 vodního zákona.

Je třeba upozornit, že pokud se průzkumný vrt má posléze dokončit jako studna individuálního zásobování vodou, je třeba již předem počítat s požadavky § 24a vyhlášky č. 501/2006 Sb., o obecných požadavcích na využívání území, ve znění pozdějších předpisů:

§ 24a
Studny individuálního zásobování vodou

(1) Studna individuálního zásobování vodou (dále jen „studna“) musí být situována v prostředí, které není zdrojem možného znečištění ani ohrožení jakosti vody ve studni, a v takové poloze, aby nebyla ovlivněna vydatnost sousedních studní.

(2) Nejmenší vzdálenost studny od zdrojů možného znečištění je stanovena podle druhu možného zdroje znečištění pro málo prostupné prostředí takto:
a)   žumpy, malé čistírny, kanalizační přípojky 12 m, (z tohoto požadavku lze povolit výjimku podle § 169 stavebního zákona)
b)   nádrže tekutých paliv pro individuální vytápění umístěné v obytné budově nebo samostatné pomocné budově 7 m,
c)   chlévy, močůvkové jímky a hnojiště při drobném ustájení jednotlivých kusů hospodářských zvířat 10 m,