Obecnou úpravu rozporů mezi správními orgány (mezi dotčenými orgány nebo mezi správním orgánem vedoucím řízení a dotčeným orgánem) obsahuje v ust. § 136 odst. 6 správní řád. Podle tohoto ustanovení je při řešení rozporů v případě bezvýslednosti dohodovacího řízení postupováno přiměřeně podle ust. § 133, který upravuje spory o věcnou příslušnost.
Pokud se příslušné správní orgány na řešení jejich rozporu nedohodnou, postoupí věc nejblíže společně nadřízenému správnímu orgánu, který jejich spor rozhodne. Nelze-li takový orgán určit, projednají spor ústřední správní úřady, a nedohodnou-li se tyto, rozhodne jejich spor Nejvyšší správní soud.
Stavební zákon obsahuje také úpravu řešení rozporů, v rámci které odkazuje právě na citovaná ustanovení správního řádu s tím, že tímto způsobem mohou být řešeny rozpory mezi protichůdnými stanovisky či závaznými stanovisky dotčených orgánů, a případně mezi dotčeným orgánem a úřadem územního plánování nebo stavebním úřadem.
S ohledem na kontext této úpravy je třeba zdůraznit dvě věci. První z nich je, že za rozpor nelze označovat situaci, kdy některé z vydaných stanovisek je negativní. Tato skutečnost sama o sobě znamená, že žádosti nelze v předložené podobě vyhovět, příp. že územně plánovací dokumentaci nelze v navržené podobě vydat. Teprve pokud by stavební…